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道医的宇宙生成本体论中，元气观念是其核心，即认为元气是万物之本始，性命之根源。因此有关元气的理论，成为道教医学的重要指导思想。道家始祖老子云："道生一，一生二，二生三，三生万物。”这个道的体现也就是气。庄子云："气变而有形，形变而有生。〃(《庄子•至乐〉)又说：“人之生，气之聚也。聚则为生，散则为死……通天下一气耳。"((庄子.知北游>)庄子明确指出了气是宇宙万物及人体生命之本源。道教产生之时，完全承继了先秦道家的元气思想，并把这一思想充分运用于道教理论之中。《太平经》就讲了许多有关元气的认识："天地开辟贵本根，乃气之元也。〃(《太平经合校》12页)"夫天地人本同一兀气，分为三体，各自有袓始〃(同上书236页)"一气为天，一气为地，一气为人，余气散备万物。"(同上书726页)元气为构成宇宙万物及人的总根源。气如何演化为万物?《太平经》解释云：
"天，太阳也。地，太阴也。人居中央，万物亦然。天者常下施，其气下流也。地者常上求，其气上合也。两气交于中央。人者，居其中为正也。两气者常交用事，合于中央，乃共生万物。万物悉受此二气以成形，合为情性;无此二气，不能生成也。(《太平经合校》694页)这里，指出元气化为阴阳二气，阴阳对立而统一，化生了万物。这种解释是《老子》"道生一，一生二，二生三，三生万物〃思想的具体化，充满了朴素的辩证观。医家经典《黄帝内经》本是医、道一体的产物，因此《内经》中亦贯穿了万物由气构成的观点。
《素问•天元纪大论》云："在天为气，在地成形，形气相感而化生万物矣。”
应该指出，道家、医家关于气的许多理论中，对"气〃字的运用有多种意义，大体说来，分先天之气与后天之气，先天之气即元气(炁)又称真气或祖气，即指万物本始之气。后天之气，为元气在人体中物化之气，包括口鼻呼吸之气，人体营气、卫气以及五脏之气等。先天之气与后天之气相互作用，构成了人体性命之基础。这一先天气与后天气的理论，是道家修炼学说的主要根据，亦是医家生理、病理及治疗学说的主要根据。先天之气，亦写作"炁〃，以示与后天元气相区别。《云笈七籤.元气论》云：〃元气无号，化生有名。元气同包，化生异类。同包无象，乃一气而称元。异居有形，立万名而认表……一含五气，是为同包;一化万物，是谓异类也 夫一含五气，软气为水，温气为火，柔气为木，刚气为金，风气为土。”这里说明了先天元气化生万物之多种后天之气的道理。《道枢•元气篇》云："夫人稟天地元气而生者也。一呼一吸，内外之气应矣。气有六，曰心曰肺曰肝曰脾曰肾曰三焦，为之主焉。”呼吸之气以及五脏诸气，即为先天元气变化而来之后天之气。故道教修炼，即修"先天真一之气〃也。清代道教学者刘一明指出："先天真一之气，为人性命之根，造化之源，生死之本。"(《周易阐真〉)"性命之道，始终修养先天虚无真一之气而已，别无他物。米约者是此，炼约者是此，还丹还者是此以道全形者是此……长生长者是此。"(《指南针.百字碑注>)精辟地指出了修养先天之真气乃修道之关键与核心。《云笈七籤.元气论》云："夫元气者，乃生气之源，则肾间动气是也。此五脏六腑之本，十二经脉之根，呼吸之门，三焦之源，一名守邪之神.此气是人之根本，根本若绝，则脏腑筋脉如枝叶，根亏叶枯亦以明矣。”从人体生理角度指出了元气的主宰作用，与(内经)的说法完全一致。《内经.六微旨大论》云：“出入废则神机化灭;升降息，则气立孤危。故非出入，则无以生长壮老已;非升降，则无经生长化收藏。”指出人体的生化运动就在于气的出入升降，运动平衡。气的运动机制失常，则产生各种疾病。《素问•举痛论》云：〃百病生于气也，怒则气上，喜则气缓，悲则气消，恐则气下，寒则气收，炅则气泄，惊则气乱，劳则气耗，思则气结。〃并分析了各种痛症均由寒气停留在一定部位所致，是从后天之气论述病因。上述气的运行与作用机制，是道医以气治病的根据，总的原则是以布气、导气、引气、排气等方法，调整人体内气之运行，达到扶持正气、元气，排除病气，使人体生理生化趋于协调与平衡，达到祛疾疗病之目的。
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